El controlador puede ser externo (auditor contratado que debe estar inscrito en el Registro Oficial de Auditores de Cuentas), o interno cuando se trate de beneficiarios de carácter público (interventores o departamentos de control de los organismos beneficiarios, o unidades de verificación y control respecto de organismos, agencias o instituciones dependientes). Será necesario analizar en la SGCTE el expediente de contratación mediante el cual se ha llevado a cabo la contratación del auditor externo, para ver si se puede autorizar o no dicha designación.
Para designar al auditor interno, se deberá presentar la solicitud del nombramiento de controlador ante la Dirección General de Fondos Europeos - SG de Cooperación Territorial Europea, que es la Autoridad Nacional del programa, adjuntando además la siguiente documentación: Nombramiento como interventor en el organismo, declaración de no participación en la gestión del proyecto y organigrama en el que sea posible comprobar que son llevadas por personas independientes el control y la ejecución
Se puede realizar una licitación conjunta para varios proyectos, contratando al mismo controlador para dichos proyectos; sin embargo, no se podrá licitar conjuntamente el expediente de contratación junto con otros beneficiarios.
Toda la documentación relacionada con la solicitud de designación de controlador, DACI, así como el expediente completo de contratación, Debe subirse a la aplicación eSudoe.
El coste de controlador debe ser razonable, para ello deberán solicitarse siempre un mínimo de tres presupuestos relativos a esa tarea, y tramitar el expediente de contratación correspondiente en caso de que la entidad sea de carácter público. Si no existe gasto en una anualidad, el beneficiario no tendrá que hacer declaración, por lo que se podrá proceder a cancelar el contrato menor con el Controlador para esa anualidad.