El Programa POCTEP desarrolla proyectos de cooperación transfronteriza en el marco de convocatorias públicas. En el periodo 2021-2027 cada convocatoria del POCTEP se articula en torno a cuatro Objetivos Políticos (OP) y un objetivo específico Interreg, habiendo diferentes prioridades, objetivos específicos (OE) y tipos de acciones que podrán financiarse en dicho marco.
La presentación de candidaturas se realiza de manera exclusivamente telemática en el marco de las sucesivas convocatorias públicas que el Programa celebra y que son difundidas principalmente en la web www.poctep.eu.