La ayuda se abona al beneficiario tras la certificación del gasto previamente ejecutado y la correspondiente verificación por parte del Organismo Intermedio. Esto significa que la entidad beneficiaria debe abonar en primer lugar los gastos con sus propios recursos y luego recibe el reembolso correspondiente a la ayuda FEDER generada, tras la presentación de la documentación correspondiente a la certificación (facturas, contratos, comprobantes de pago) y la comprobación de la adecuación del gasto a la normativa por parte del Organismo Intermedio. La declaración de pago de los gastos efectuados la realiza la Autoridad nacional de Certificación, procediéndose al reembolso a la entidad local desde la Administración del Estado una vez se recibe la ayuda desde la Unión Europea.
El proceso, por tanto, se corresponde con las siguientes fases: ejecución propia, certificación, verificación y reembolso.