La administración puede elegir entre controlador externo o interno. El controlador puede ser externo (auditor contratado que debe estar inscrito en el Registro Oficial de Auditores de Cuentas), o interno cuando se trate de beneficiarios de carácter público. Para designar al auditor interno, se deberá presentar nombramiento como interventor en el organismo, declaración de no participación en la gestión del proyecto y organigrama en el que sea posible comprobar que son llevadas por personas independientes el control.